中国・海峡両岸関係協会（海協会）の陳雲林会長が到着した３日、各訪問先や沿道では多数の警察官が動員されての厳重な警備が行われ、抗議しようとする人との衝突が相次いだ。中華民国の青天白日満地紅旗さえも取り締まりに遭う異例さで、民進党は４日開いた記者会見で、呂秀蓮前副総統が馬英九総統に対し、人権侵害を謝罪するよう呼び掛けた。
円山大飯店で抗議を行った民進党の台中市議会議員たちは、警察の有無を言わせぬ取り締まりでけがをしたと訴えた（３日＝中央社）
４日付中国時報によると、馬英九総統は「陳会長の安全は最重要事項だが、行き過ぎは不適切だ」と表明したという。また、史亜平新聞局長を通じ、青天白日満地紅旗について「現時点で掲揚されているものは撤去しないよう」指示をした。
青天白日満地紅旗に対する取り締まりについては、国民党の議員からも「行き過ぎ」という批判が起きていた。
