復興航空（トランスアジア・エアウェイズ）旅客機墜落事故は、機長からの滑走路変更要求を空軍が拒否したことに端を発していると報じた週刊誌、壱週刊の報道について空軍司令部は同日、報道を否定する声明を発表するとともに、同誌に抗議を行った。31日付蘋果日報などが報じた。
空軍司令部は当時の通話記録を公開。午後６時30分に機長からの滑走路変更の要請を受けた管制塔から連絡があったが、同43分に取り消しの連絡を受けており、拒否した事実はないと強調した。また、空軍は馬公空港に気象情報を提供しているが、管制塔は2001年から交通部民用航空局（民航局）が管理しており、もともと空軍が航空機の離着陸に干渉する権利はないと説明した。
空軍司令部は同通話記録を事故の調査に当たる飛航安全調査委員会（飛安会、ＡＳＣ）に提出し、ブラックボックスのデータ解析と合わせて原因究明を待つと説明した。飛安会からは近日中に初期の調査結果が発表される見通しだ。
壱週刊は、天候不良で着陸できずに上空で旋回していた復興航空の機長が空軍が優先利用している着陸誘導システムを備えた滑走路への着陸変更を空軍側に要求するも、拒否されたため事故につながったと報じていた。
