2014年７月に澎湖県で起きた復興航空機墜落事故で、澎湖地方法院検察署は14日までに捜査を終結し、事故機の誘導過程で、軍民共用の馬公空港で空軍が滑走路の使用を認めなかったなどして、空軍・管制側にも事故原因の一端があると判断。空軍馬公基地の担当官と馬公空港の管制官の２人を業務上過失罪で起訴した。15日付蘋果日報が報じた。
事故は機長、副機長が滑走路への進入、着陸やり直し時に標準手順を守らなかったことが最大の原因だが、検察は事故機が馬公空港に接近した際、悪天候を理由に着陸コースの変更を要求したにもかかわらず、空軍側が変更を認めなかったことも一因だと認定した。
馬公空港には滑走路が１本しかなく、北北東、南南西のいずれかから進入するが、北北東側から進入する「02滑走路」は計器着陸装置（ＩＬＳ）を備えており、視界が800メートルあれば着陸可能なのに対し、南南西側から進入する「20滑走路」に設置されている高周波全方向式無線標識（ＶＯＲ）では視界が1,600メートル必要だった。
調べによると、事故機の操縦士は進入コースを20滑走路からより安全な02滑走路へと変更するよう求めたが、滑走路への進入方向について決定権限を持つ空軍馬公基地の担当官は高雄の管制官との12分間にわたる通話で、「天候条件が要件を満たしていない」などとして、終始高圧的な態度で進入方向の変更を認めなかったことが分かった。
